Ein zentrales Feld der Politik in der Regierungszeit Wilhelms V. von Jülich-Kleve-Berg war die Frage nach der Religion. Martin Luther hatte mit seinen berühmten 95 Thesen 1517 die Reformation ausgelöst, die zu einer tiefen Spaltung der Kirche führen sollte. Schon der Vater Wilhelms V., Johann III. (reg. 1521-1539), hatte mit umfassenden Maßnahmen, wie dem Erlass eigener Kirchenordnungen und der Visitation der Geistlichkeit, auf die sich abzeichnende Kirchenspaltung reagiert. Er und seine vom Humanismus, speziell von den Ideen des Erasmus von Rotterdam, geprägten Räte hofften, dass eine innere Reform der katholischen Kirche möglich sei und die theologischen Gegensätze sich wieder miteinander versöhnen ließen. Bewegungen, die wie z.B. die Täufer aus religiöser Schwärmerei heraus die gesellschaftliche und politische Ordnung fundamental in Frage stellten, lehnte man jedoch ab. So beteiligte sich Johann III. auch mit Truppen an der Rückeroberung der Stadt Münster 1535, in der die Täufer ein eigenes theokratisches Regiment errichtet hatten. Die auf Ausgleich zwischen den konfessionellen Lagern bedachte Haltung Johanns III. übernahm sein Sohn Wilhelm V. Dieser gehörte der Fürstengeneration an, die 1555 den Augsburger Religionsfrieden schloss, der die Lutheraner reichsrechtlich anerkannte. Der innere Frieden im Reich wurde damit höher bewertet als die theologischen und machtpolitischen Fragen, die mit der Reformation verbunden waren. Zum Ende des 16. Jahrhunderts hin verhärteten sich jedoch die Fronten, nicht zuletzt, weil mit dem Calvinismus eine weitere protestantische Glaubensrichtung eine große Verbreitung gefunden hatte. Wilhelm V. betonte stets, dass er römisch-katholischen Glaubens sei, sich aber seinem Handeln allein gegenüber Gott in der Verantwortung sähe. Damit begründete er auch, dass er das Abendmahl in beiderlei Gestalt (Wein und Brot) bei Hof, wie in seinem Territorium, zuließe. Die Darreichung des sogenannten Laienkelchs wurde von der katholischen Kirche abgelehnt. Dass Wilhelm V. seine Töchter Maria Eleonore, Anna und Magdalena mit protestantischen Fürsten vermählte, hatte weniger mit seinen persönlichen Glaubensvorstellungen als mit der Notwendigkeit standesgemäßer Eheschließungen zu tun. Die Politik eigener Kirchenordnungen und der Umstand, dass in den Territorien Wilhelms V. die Regelungen des Augsburger Religionsfriedens, nach denen die Konfession des Fürsten die der Untertanen bedingte, nicht umgesetzt wurden, führte dazu, dass die Herzogtümer Jülich-Kleve-Berg eines der wenigen gemischtkonfessionellen Gebiete im Reich waren.
